最早访问恶魔岛的人是在1万至2万年前到达那里的土著人。有两个大的群体居住在海湾周围：米沃克人居住在海湾以北现在的马林县，而奥隆人居住在苏尔角和旧金山湾之间的沿海地区。
这些原住民早期对恶魔岛的使用很难重建，因为大部分部落的口述历史都已遗失。历史学家认为，恶魔岛被用作露营的地方和收集食物的地方，特别是鸟蛋和海洋生物。一个传统可能是，该岛被用作流放违反部落法律的部落成员的地方。

当第一批西班牙探险家于1769年抵达时，旧金山湾周围生活着超过10,000名土著人。