Alcatraz Adası, Pasifik Okyanusu'na açılan doğal bir kapı olan Golden Gate'in hemen doğusunda, San Francisco Körfezi'nin ortasında yer almaktadır. İklim tahmin edilemez ve serin sular ile ılık vadilere bağlı olarak aniden değişebilir. Soğuk, sisli sabahlar yerini güneşli öğleden sonralara bırakabilir ve bu da öğleden sonra hızla sis ve sert rüzgarlara geri dönebilir.
En güzel hava genellikle Nisan, Mayıs ve Haziran aylarında ve daha sonra Eylül ve Ekim aylarında görülür. Yaz mevsimi, San Francisco'ya şehir dışından gelen pek çok ziyaretçiyi şaşırtan en serin havayı ve en yoğun sisi Ada'ya getirir.

Alcatraz Adası'nda sıcaklıklar nadiren 75°F'nin (24°C) üzerine çıkar veya 38°F'nin (3°C) altına düşer. Adaya neredeyse hiç kar yağmaz, ancak kışlar yağışlı ve soğuk geçebilir. Öğleden sonra rüzgarları her mevsim yaygındır.

Kış aylarında ve ilkbaharın başlarında sık sık yağmur görülür. Alcatraz tur güzergâhının yaklaşık yarısı yağmurdan korunaklı olmayan dış yollar boyunca uzanmaktadır, bu nedenle olası yağışlı havaya göre giyinin. (Yağmur kıyafetleri Alcatraz Landing'den ve Ada'daki kitapçılardan satın alınabilir).

Yerli San Franciscoluların bir sözü vardır: "Her zaman kat kat giyinin ve hoş bir sürprizle karşılaşmayı umun."