Amerikan Kızılderililerinin 50 yıl önce Alcatraz'ı işgalinin daha geniş hikayesi, 19. yüzyıldaki bir antlaşmaya ve 1626'da Manhattan Adası'nın satışına ve günümüze kadar uzanan Amerikan tarihinin daha büyük bir bölümünü kolayca içerebilirdi, ancak ana zaman çizelgesi Kasım 1969'da başladı ve bir buçuk yıldan biraz fazla sürdü. 

Ekim 1969'da çıkan bir yangının San Francisco'daki Amerikan Kızılderili Merkezi'ni yok etmesinin ardından bir grup aktivist, bir yıl önce hapishanenin kapatılmasının ardından 1964 yılında ihtiyaç fazlası arazi ilan edilen Alcatraz adasını ele geçirmekten bahsetmeye başladı. Aralarında San Francisco State öğrencisi Richard Oakes'un da bulunduğu ilk küçük protestocu grubu 9 Kasım'da botla adaya çıktı ve yetkililer tarafından uzaklaştırılmadan önce geceyi orada geçirdi.

19 Kasım 1969'da, Tüm Kabilelerin Kızılderilileri (resmi adıyla Indians of All Tribes, Inc.) adı altında 89 aktivist Sausalito'daki No-Name Bar'da toplandı ve harekete sempati duyan yerel tekneciler tarafından gece yarısı taşındı. Amerikan yerlilerinin "ihtiyaç fazlası federal toprakları" ele geçirmesine izin veren 1868 tarihli bir anlaşmanın yanı sıra San Francisco Körfez Bölgesi'nin en eski yerli halklarından bazılarının Alcatraz'daki işgal geçmişine atıfta bulunan ilk yolculukta karaya çıkan 14 protestocu, adada hak iddia etti ve eski federal cezaevinin işgalini kurmaya başladı. 

Adanın Sahil Güvenlik tarafından ablukaya alınması ilk seferde teknelerin çoğunun karaya çıkmasını engelledi, ancak tekneler geçmeye devam ettikçe Alcatraz'ın nüfusu aylar içinde 600 kişiye ulaştı. Başkan Richard Nixon'ın ekibindeki yetkililer federal polislerle adaya baskın yapmayı önerdi, ancak aralarında kadın ve çocukların da bulunduğu bir gruba yönelik yüksek profilli bir saldırıdan korktukları için bundan vazgeçtiler.

Ortaya çıkan lider Richard Oakes tarafından medyaya ve hükümet yetkililerine iletilen bir bildiriye göre, Tüm Kabilelerin Kızılderilileri adanın kontrolünü ele geçirmişlerdi, ancak mülk için "cam boncuk ve kırmızı kumaş olarak 24 dolar" ödemeye hazırdılar, bu miktar Avrupalı yerleşimcilerin Manhattan adası için Amerikan Kızılderililerine ödediği miktardı. Grup, Amerikan Yerlileri Çalışmaları için bir kültür merkezi, bir müze, bir ruhani merkez ve bir ekoloji merkezi inşa etmeyi planlıyordu.

Adadaki ikinci günlerinde organizatörler bir sağlık kliniği kurmuşlardı. Sonunda personel üç gönüllü doktor ve iki hemşireden oluşarak acil durumlara her saat müdahale edilmesini mümkün kıldı. 11 Aralık 1969'da Tüm Kabilelerin Kızılderilileri 12 ilkokul öğrencisini (anaokulundan altıncı sınıfa kadar) kabul eden Big Rock Okulunu açtı, ancak ay sonuna kadar kayıtlar 22 öğrenciye ulaştı. Müfredat, okuma, matematik, coğrafya gibi tipik derslerin yanı sıra yerli tarihi, kültürü ve yerli sanatlarını da içeriyordu. Öğrenciler zaman zaman Oakland Sanat Müzesi, Morrison Planetaryumu ve San Francisco Hayvanat Bahçesi'ne düzenlenen gezilere katılmak üzere adadan ayrılıyorlardı.

22 Aralık'ta Berkeley'deki radyo istasyonu KPFA-FM, adadan Radio Free Alcatraz olarak bilinen ve KPFA'nın New York ve Los Angeles'taki bağlı istasyonlarında da yayınlanan günlük bir prime-time yayını yapmaya başladı. Programda Kızılderili kültürünün yanı sıra adadaki ve her yerdeki kabile üyeleriyle ilgili siyasi ve toplumsal meseleler vurgulanıyordu. Nebraska'dan bir Santee Sioux olan John Trudell tarafından yönetilen yayınlar 1970'in sonlarına kadar sürdü. 

Başlangıçta sendika grupları ve Jane Fonda, Marlon Brando ve Creedence Clearwater Revival grubu (bir tekne için 15.000 dolar bağışladı) gibi ünlüler de dahil olmak üzere halk desteği güçlü olsa da, 1970'in başlarında yaşlanan bir altyapı ve tatlı su olmadan adada büyük bir topluluğu sürdürmeye çalışmanın gerçekleri giderek daha belirgin hale geldi. 

Tüm Kabilelerin Kızılderilileri liderleri Ulusal Kızılderili Fırsat Konseyi'nden adayı daha yaşanabilir hale getirmek için tesis, ekipman, tıbbi malzeme ve ulaşım için resmi talepte bulunurken, federal Genel Hizmetler İdaresi yetkilileri - adanın gözetmenleri - Tüm Kabilelerin Kızılderililerine ve medyaya işgalcilerin "izinsiz giren" olarak kabul edildiğini ve federal hükümetin "bu adada kaldığınız sürece güvenliğiniz için hiçbir sorumluluk kabul etmediğini" bildirmeye devam etti.

Ocak ayında Richard Oakes'in 13 yaşındaki üvey kızı Yvonne birkaç basamaktan düşerek öldü. Oakes ve ailesi yas tutmak için adadan ayrılırken, Tüm Kabilelerin Kızılderililerinin diğer liderleri adanın planlamasını ve hükümetle müzakereleri devraldı; Amerikan Kızılderili liderleri arazinin tapusu ve orada bir üniversite için paradan daha azı konusunda ısrarcı olmadılar. 

İşgal liderleri, çoğunlukla hükümet karşıtı davaya ve ücretsiz konaklamaya ilgi duyan San Francisco'nun hippi uyuşturucu kültürünün üyeleri olan Kızılderili olmayan ziyaretçilerle giderek artan zorluklarla karşılaştı. Tüm Kabilelerden Kızılderililer liderleri sonunda Kızılderili olmayanların geceyi geçirmesini yasakladı, ancak bu noktada öğrencilerin okula dönmesiyle kabile üyelerinin nüfusu azalmaya başlamıştı. Mayıs 1970'e gelindiğinde hükümet Alcatraz'ı Milli Park sistemine dahil etmek amacıyla İçişleri Bakanlığı'nın yetkisi altında işletmek üzere devretmek için çalışıyordu. 

Hareket 1970 ortalarında başlangıçtaki ivmesinin bir kısmını kaybetmiş olsa da, kamuoyunda kazandığı ilgi Temmuz ayında Nixon'ın Beyaz Saray'ını hükümetin Kızılderili Amerikalılara yönelik yardım ve toprakları "feshetme" politikasına son vermeye sevk etti ve başkan "Kızılderililer arasında kendi kaderini tayin etme, nihai fesih tehdidi olmaksızın teşvik edilebilir ve edilmelidir" dedi. İşgalin birinci yıldönümünde Tüm Kabilelerin Kızılderilileri adada Thunderbird Üniversitesi planlarını açıklamak üzere bir basın toplantısı düzenledi. 

1970 yazında federal yetkililer Alcatraz'a giden suyu kesti. Bunun üzerine Tüm Kabilelerin Kızılderilileri liderleri, şişe suyu ve diğer malzemeleri satın almak için para toplamak üzere adada turlar düzenlemeye başlayacaklarını duyurdular. Genel Hizmetler İdaresi yetkilileri kısa süre içinde adanın "güvensiz ve tehlikeli" olduğunu ve adaya izinsiz girenlerin kovuşturulacağını duyurdu.

Haziran 1970'te Alcatraz'da çıkan yangınlar ana yapıların birçoğunu tahrip etmiş ve San Francisco Körfezi'nde seyrüsefer için kullanılmaya devam eden deniz fenerini devre dışı bırakmıştı. Ocak 1971'de iki tanker gemisi arasında meydana gelen ve 800.000 galon ham petrolün Golden Gate Köprüsü yakınlarına döküldüğü çarpışmadan Alcatraz'da çalışan bir deniz fenerinin olmaması sorumlu tutuldu ve işgale yönelik kamuoyu desteği daha da aşındı.

Aylar içinde yetkililer adaya giden son elektriği de kestiler ve 11 Haziran 1971'de federal personel adaya baskın düzenlediğinde beşi çocuk olmak üzere sadece 15 kişi kalmıştı. İşgalin kendisi asıl hedeflerine ulaşamamış olsa da, yüzlerce başka Kızılderili protestosunun ortaya çıkmasına ve Amerika Birleşik Devletleri'nde ve başka yerlerde konuyla ilgili farkındalığın artmasına yol açtığı kabul edilmektedir. 

1972 yılında Alcatraz Adası, ABD Ulusal Parklar sisteminin bir parçası olan Golden Gate Ulusal Rekreasyon Alanı'na dahil edilmiştir.