Остров Алькатрас расположен в центре залива Сан-Франциско, к востоку от Золотых ворот, естественных ворот в Тихий океан. Климат здесь непредсказуем и может внезапно меняться в зависимости от прохладных вод и теплых долин. Холодное туманное утро может смениться солнечным днем, который, в свою очередь, может быстро смениться туманом и пронизывающим ветром во второй половине дня.
Самая приятная погода обычно бывает в апреле, мае и июне, а затем снова в сентябре и октябре. Лето приносит на остров самую прохладную погоду и самый сильный туман, что удивляет многих иногородних гостей Сан-Франциско.

Температура на острове Алькатрас редко поднимается выше 75°F (24°C) или опускается ниже 38°F (3°C). На острове почти никогда не выпадает снег, но зимы могут быть влажными и холодными. Послеполуденные ветры характерны для любого времени года.

Зимой и ранней весной часто идут дожди. Примерно половина маршрута экскурсии по Алькатрасу проходит по внешним дорогам, где нет укрытия от дождя, поэтому одевайтесь с учетом возможной сырой погоды. (Экипировку от дождя можно приобрести на причале Алькатраса и в книжных магазинах острова).

У коренных жителей Сан-Франциско есть поговорка: "Всегда одевайтесь многослойно и надейтесь, что будете приятно удивлены".