A ilha de Alcatraz situa-se no meio da baía de São Francisco a leste da Golden Gate; a porta natural para o Oceano Pacífico. O clima é imprevisível e pode mudar subitamente com base em águas frias e vales quentes. As manhãs frias e nebulosas podem dar lugar a tardes soalheiras que, por sua vez, podem mudar rapidamente de volta ao nevoeiro e aos ventos borbulhantes durante a tarde.
O clima mais agradável ocorre geralmente durante os meses de Abril, Maio e Junho, e depois novamente durante os meses de Setembro e Outubro. O Verão traz algum do clima mais fresco e nevoeiro mais pesado à ilha, o que surpreende muitos visitantes de fora da cidade de São Francisco.

As temperaturas na ilha de Alcatraz raramente sobem acima dos 24°C (75°F) ou descem abaixo dos 3°C (38°F). Quase nunca neva na ilha, mas os Invernos podem ser húmidos e frios. Os ventos da tarde são comuns durante todas as estações.

A chuva ocorre frequentemente durante o Inverno e o início da Primavera. Cerca de metade da rota turística de Alcatraz é ao longo de estradas sem abrigo da chuva, por isso veste-se para um possível tempo húmido. (O material de chuva está disponível para compra na Alcatraz Landing e nas livrarias da ilha).

Os nativos são franciscanos têm um ditado: "Vistam-se sempre em camadas e esperem ser agradavelmente surpreendidos".