Alcatraz Island ligt midden in de baai van San Francisco, net ten oosten van de Golden Gate; de natuurlijke toegangspoort tot de Stille Oceaan. Het klimaat is onvoorspelbaar en kan plotseling veranderen op basis van koel water en warme valleien. Koude, mistige ochtenden kunnen plaats maken voor zonnige middagen, die op hun beurt snel weer kunnen veranderen in mist en winderige wind in de middag.
Het aangenaamste weer doet zich meestal voor in april, mei en juni, en dan weer in september en oktober. De zomer brengt soms het koelste weer en de zwaarste mist naar het eiland, wat veel bezoekers van buiten San Francisco verrast.

De temperaturen op Alcatraz Island stijgen zelden boven de 24°C (75°F) of dalen zelden onder de 3°C (38°F). Het sneeuwt bijna nooit op het eiland, maar de winters kunnen nat en koud zijn. Middagwinden zijn gebruikelijk tijdens elk seizoen.

Regen komt vaak voor tijdens de winter en het vroege voorjaar. Ongeveer de helft van de Alcatraz tour route is langs buitenwegen zonder beschutting tegen de regen, dus kleed u aan voor mogelijk nat weer. (Regenkleding is te koop bij Alcatraz Landing en in de boekwinkels op het eiland).

Inheemse San Franciscanen hebben een gezegde: "Kleed je altijd in lagen en hoop aangenaam verrast te worden."