Het bredere verhaal van de bezetting van Alcatraz door de Amerikaanse Indianen 50 jaar geleden zou gemakkelijk een groter stuk Amerikaanse geschiedenis kunnen omvatten - zo ver terug als een verdrag uit de 19e eeuw en de verkoop van Manhattan Island in 1626 en zo ver vooruit als het heden - maar de kerntijdlijn begon in november 1969 en duurde iets meer dan anderhalf jaar. 

Nadat een brand in oktober 1969 het American Indian Center in San Francisco had verwoest, begon een groep activisten te praten over de overname van het eiland Alcatraz, dat in 1964 tot overtollig land was verklaard nadat de gevangenis het jaar daarvoor was gesloten. Een eerste kleine groep demonstranten, waaronder de San Francisco State student Richard Oakes, voer op 9 november naar het eiland en bracht er de nacht door voordat ze door de autoriteiten werden verwijderd.

Op 19 november 1969 verzamelden 89 activisten onder de naam Indians of All Tribes (officieel bekend als Indians of All Tribes, Inc.) zich bij de No-Name Bar in Sausalito en werden midden in de nacht overgezet door lokale schippers die sympathiseerden met de beweging. Verwijzend naar een verdrag uit 1868 dat Amerikaanse Indianen toestond om "overtollig federaal land" over te nemen, en naar een geschiedenis van bezetting van Alcatraz door enkele van de eerste inheemse volkeren van het San Francisco Bay Area, maakten de 14 demonstranten die tijdens de eerste reis aan land kwamen aanspraak op het eiland en begonnen met de bezetting van de voormalige federale gevangenis. 

Een blokkade van het eiland door de kustwacht voorkwam dat de meeste boten tijdens de eerste reis aan land gingen, maar toen de boten bleven doorvaren, groeide de bevolking van Alcatraz binnen enkele maanden tot 600 mensen. Ambtenaren van de staf van president Richard Nixon stelden voor het eiland te bestormen met federale marshals, maar hielden dit af uit angst voor een opvallende aanval op een groep waartoe ook vrouwen en kinderen behoorden.

Volgens een proclamatie die door de opkomende leider Richard Oakes aan de media en overheidsfunctionarissen werd overhandigd, hadden de Indianen van Alle Stammen de controle over het eiland overgenomen, maar waren ze bereid "24 dollar in glazen kralen en rode stof" te betalen voor het eigendom, het bedrag dat de Europese kolonisten de Amerikaanse Indianen betaalden voor het eiland Manhattan. De groep was van plan een cultureel centrum voor Native American Studies, een museum, een spiritueel centrum en een ecologisch centrum te bouwen.

Op de tweede dag op het eiland hadden de organisatoren een gezondheidskliniek opgezet. Uiteindelijk bestond het personeel uit drie vrijwillige artsen en twee verpleegsters, waardoor het mogelijk werd om op alle uren op noodgevallen te reageren. Op 11 december 1969 openden de Indianen van alle stammen de Big Rock School met 12 lagere leerlingen (kleuters tot en met de zesde klas), hoewel het aantal leerlingen tegen het einde van de maand tot 22 groeide. Het lesprogramma omvatte de meeste typische vakken - lezen, wiskunde, aardrijkskunde - maar ook inheemse geschiedenis, cultuur en inheemse kunst. Af en toe verlieten de leerlingen het eiland voor uitstapjes naar het Oakland Art Museum, het Morrison Planetarium en de San Francisco Zoo.

Op 22 december begon Berkeley radiostation KPFA-FM met een dagelijkse prime-time uitzending vanaf het eiland, bekend als Radio Free Alcatraz, die ook werd uitgezonden op KPFA's zusterstations in New York en Los Angeles. De programmering legde de nadruk op de Indiaanse cultuur en op politieke en maatschappelijke problemen op het eiland en met stamleden overal. De uitzendingen, geleid door John Trudell, een Santee Sioux uit Nebraska, duurden tot eind 1970. 

Hoewel de publieke steun aanvankelijk groot was, waaronder vakbondsgroepen en beroemdheden als Jane Fonda, Marlon Brando en de band Creedence Clearwater Revival (die 15.000 dollar schonk voor een boot), werd begin 1970 steeds duidelijker hoe het was om een grote gemeenschap op het eiland in stand te houden met een verouderende infrastructuur en zonder zoet water. 

Terwijl de leiders van de Indianen van alle stammen een formeel verzoek indienden bij de National Council on Indian Opportunity voor faciliteiten, uitrusting, medische voorraden en vervoer om het eiland beter bewoonbaar te maken, bleven ambtenaren van de federale General Services Administration - toezichthouders op het eiland - de Indianen van alle stammen en de media adviseren dat de bezetters werden beschouwd als "indringers" en dat de federale regering "geen verantwoordelijkheid op zich neemt voor uw veiligheid zolang u op dit eiland verblijft".

In januari overleed de 13-jarige stiefdochter van Richard Oakes, Yvonne, door een val van enkele trappen. Oakes en zijn gezin verlieten het eiland om te rouwen en lieten andere leiders van Indians of All Tribes achter om de plannen voor het eiland en de onderhandelingen met de regering over te nemen, waarvan de Amerikaans-Indiaanse leiders niets minder eisten dan de akte van het land en geld voor een universiteit aldaar. 

De leiders van de bezetting kregen het steeds moeilijker met niet-Indiaanse bezoekers, meestal leden van de hippiedrugscultuur van San Francisco die zich aangetrokken voelden tot de anti-regeringszaak en het gratis onderdak. De leiders van de Indianen van alle stammen verboden uiteindelijk niet-Indianen de nacht door te brengen, hoewel tegen die tijd het aantal stamleden al aan het afnemen was omdat de studenten weer naar school gingen. Tegen mei 1970 werkte de regering eraan om Alcatraz onder de jurisdictie van het Ministerie van Binnenlandse Zaken te brengen, met als doel het op te nemen in het Nationale Parksysteem. 

Hoewel de beweging halverwege 1970 wat van haar aanvankelijke dynamiek had verloren, zette de publieke aandacht die zij had gekregen het Witte Huis van Nixon er in juli toe aan een einde te maken aan het regeringsbeleid van "beëindiging" van uitkeringen en land voor Indiaanse Amerikanen en de president zei dat "zelfbeschikking onder Indiaanse mensen kan en moet worden aangemoedigd zonder de dreiging van uiteindelijke beëindiging". Op de eerste verjaardag van de bezetting hielden de Indianen van alle stammen een persconferentie om de plannen voor de Thunderbird Universiteit op het eiland te onthullen. 

In de zomer van 1970 sloten federale ambtenaren het water naar Alcatraz af. Als reactie daarop kondigden leiders van de Indians of All Tribes aan dat ze rondleidingen op het eiland zouden gaan aanbieden om geld in te zamelen voor flessen water en andere benodigdheden. Ambtenaren van de General Services Administration kondigden al snel aan dat het eiland "onveilig en gevaarlijk" was en dat overtreders op het eiland vervolgd zouden worden.

Branden op Alcatraz in juni 1970 hadden verschillende van de belangrijkste structuren verwoest en de vuurtoren uitgeschakeld, die nog steeds werd gebruikt voor de navigatie op de Baai van San Francisco. Een aanvaring in januari 1971 tussen twee tankschepen, waarbij 800.000 liter ruwe olie in de buurt van de Golden Gate Bridge werd geloosd, kreeg de schuld van het ontbreken van een werkende vuurtoren op Alcatraz, waardoor de publieke steun voor de bezetting nog verder afbrokkelde.

Binnen enkele maanden werd de laatste elektrische stroom naar het eiland afgesloten en op 11 juni 1971, toen federaal personeel het eiland bestormde, waren er nog maar 15 mensen over, waaronder vijf kinderen. Hoewel de bezetting zelf haar oorspronkelijke doel niet bereikte, wordt algemeen aangenomen dat zij de aanzet gaf tot honderden andere protesten van Amerikaanse Indianen en een groeiend bewustzijn van verwante kwesties in de Verenigde Staten en elders. 

In 1972 werd Alcatraz eiland opgenomen in het Golden Gate National Recreation Area, onderdeel van het U.S. National Parks systeem.