Sejarah Kubu
California menjadi milik Amerika Syarikat pada 2 Februari 1848 dalam perjanjian dengan Mexico yang menamatkan Perang Mexico. Seminggu sebelum itu, pada 24 Januari, emas telah ditemui di kaki bukit Pergunungan Sierra Nevada. Dalam tempoh tiga tahun, penduduk San Francisco akan meletup dari sekitar 500 hingga lebih daripada 35,000 sebagai pencari emas yang dicurahkan ke California.
Beratus-ratus kapal, menuju ke San Francisco semasa Gold Rush, karam di sepanjang pantai California yang berbahaya. Rumah api pertama di Pantai Barat Amerika Syarikat dibina di Alcatraz untuk membimbing kapal-kapal dengan selamat ke Teluk San Francisco. Rumah api mula digunakan pada 1 Jun 1854.
Tentera A.S., menyedari Teluk San Francisco terdedah kepada serangan musuh, menguatkan pintu masuk pelabuhan dengan bateri strategik termasuk kubu di Pulau Alcatraz. Kubu ini siap dibina pada Disember 1859. Semasa Perang Saudara Amerika (1861–1865) Alcatraz menjadi kubu Amerika terbesar di barat Sungai Mississippi.
Tentera mula menghantar banduan askar ke kubu Alcatraz pada awal tahun 1860. Sepanjang empat puluh tahun akan datang, Pulau ini secara beransur-ansur menjadi usang sebagai kubu dan lebih penting sebagai penjara. Tentera A.S. mengeluarkan senjata kubu itu dan pada tahun 1907 secara rasmi menetapkan Alcatraz sebagai Penjara Tentera.
Tentera menamakan semula Pulau itu pada tahun 1915 sebagai "Cawangan Pasifik, Barak Tatatertib A.S."-sebuah penjara untuk tentera yang menjalani hukuman dan latihan semula. Tahanan tentera membina sebahagian besar bangunan di Pulau ini. Ini akan menjadi peranan ketenteraan terakhir untuk Pulau ini sehingga tentera terakhir berlepas pada tahun 1933.