Tentera memindahkan Alcatraz ke Biro Penjara awam (BOP) pada tahun 1934. BOP dengan cepat menukar penjara tentera yang semakin tua menjadi penjara awam yang maksimum dan canggih. Alcatraz tidak lama lagi akan menjadi penjara persekutuan yang paling terkenal dalam sejarah Amerika Syarikat.
Alcatraz direka untuk berkhidmat sebagai penjara maksimum keselamatan dan keistimewaan minimum yang pertama di Amerika, yang kini dirujuk sebagai institusi "super max". Dari tahun 1934 hingga 1963, Alcatraz menempatkan beberapa pesalah yang paling terkenal di Amerika, artis melarikan diri, pemimpin geng dan pembuat masalah umum. Mereka ditahan di bawah keadaan yang paling selamat dan rejimen, dalam persekitaran yang hampir melarikan diri di Pulau berbatu di tengah-tengah Teluk San Francisco. Kepada lelaki yang dihantar ke sana, Alcatraz adalah hujung garisan.

Alcatraz kadang-kadang dipanggil "penjara dalam sistem penjara", kerana satu-satunya banduan yang dihantar ke sana dipindahkan dari penjara persekutuan lain. Mahkamah tidak boleh menjatuhkan hukuman kepada sesiapa pun kepada Alcatraz. Sebaliknya, "The Rock" adalah di mana BOP menghantar tahanan yang paling menyusahkan sehingga diputuskan bahawa mereka boleh dikembalikan dengan selamat ke institusi keselamatan yang lebih rendah. Purata penginapan adalah lima tahun.

Dalam tempoh yang dikendalikan oleh tentera Persekutuan, seramai 36 tahanan terlibat dalam 14 cubaan melarikan diri secara berasingan. Dua puluh tiga lelaki ditangkap, enam ditembak dan dibunuh, dan dua lemas. Lima banduan hilang dan tidak pernah dilihat lagi, tetapi kemungkinan besar mereka lemas dan mayat mereka tidak pernah ditemui.

Pada awal tahun 1963, Peguam Negara Robert Kennedy mengarahkan penutupan Alcatraz Penitentiary memetik peningkatan kos penyelenggaraan dan operasi. Banduan terakhir dikeluarkan dari Pulau itu pada 21 Mac 1963. Apabila Pulau itu ditutup, ia digantikan oleh penjara persekutuan maksimum keselamatan baru di Marion, Illinois.

Hari ini, institusi "super max" kerajaan terletak di Florence, Colorado. Nama samarannya yang tidak rasmi ialah "Alcatraz of the Rockies."

Untuk maklumat lanjut mengenai Penjara A.S. di Alcatraz pergi ke laman web rasmi Biro Penjara di BOP Alcatraz sejarah.