1850년에 이르러서는 골드러시가 절정에 달했고, 캘리포니아는 연방에서 도둑질 국가로 인정받았다. 알카트라즈와 몇몇 다른 베이 제도들은 1850년 11월 6일 대통령 명령에 의해 "공공 목적"을 위해 예비되었다.
골드 러시 기간 동안 샌프란시스코로 향했던 수백 척의 배가 위험한 캘리포니아 해안선을 따라 난파되었습니다. 미국 서부 해안의 첫 번째 등대는 샌프란시스코 만으로 선박을 안전하게 안내하기 위해 Alcatraz에 지어졌습니다. 등대는 1854년 6월 1일에 가동되었다.

샌프란시스코 베이가 적의 공격에 취약하다는 것을 깨달은 미군은 알카트라즈 섬의 요새를 포함한 전략적 배터리로 항구 입구를 강화했습니다. 요새는 1859년 12월에 완공되었다. 미국 남북 전쟁 (1861-1865) 동안 Alcatraz는 미시시피 강 서쪽에서 가장 큰 미국 요새가되었습니다.

군대는 1860년 초에 알카트라즈 요새에 군인 죄수들을 보내기 시작했다. 그 후 사십 년 동안, 섬은 점차 요새화로서 쓸모 없게되었고 감옥으로서 더 중요해졌습니다. 미군은 요새의 총을 제거하고 1907 년에 공식적으로 Alcatraz를 군사 감옥으로 지정했습니다.

육군은 1915년 이 섬의 이름을 "태평양 지부, 미국 징계 막사"로 개명했는데, 이는 처벌과 재훈련을 받는 병사들을 위한 감옥이었다. 육군 수감자들은 섬에 대부분의 건물을 지었습니다. 이것은 마지막 병사들이 1933 년에 떠날 때까지 섬의 마지막 군사 역할이 될 것입니다.