アルカトラズ島は、太平洋への自然の玄関口であるゴールデンゲートのすぐ東、サンフランシスコ湾の真ん中に位置する。気候は予測不可能で、冷たい海水と暖かい谷によって突然変化することがあります。朝は冷たい霧が立ちこめ、午後は晴れ間が広がり、午後には霧と強風が吹き荒れることもあります。
通常、4月、5月、6月が最も過ごしやすく、9月、10月には再び過ごしやすくなる。夏は最も涼しく、霧が発生しやすいので、サンフランシスコを訪れる県外からの観光客は驚くほどだ。

アルカトラズ島の気温は、24°C（75°F）を超えることも、3°C（38°F）以下になることもめったにありません。雪はほとんど降りませんが、冬は雨が多く寒くなることがあります。どの季節も午後の風がよく吹きます。

冬から春先にかけて雨がよく降ります。アルカトラズ島のツアールートの約半分は雨よけがない外側の車道なので、雨に濡れないような服装でご参加ください。(雨具の購入はアルカトラズ・ランディングや島内の書店で可能です。）

サンフランシスカン出身者にはこんな言葉があります。"常に重ね着をし、楽しく驚こう"