エリス島に到着した移民は、1週間から数カ月に及ぶこともあった。もし、法律や医療に関わる問題があれば、その乗客はメインフロアの入り口に隣接する病院棟の宿舎に収容される。状況によっては、1週間から1カ月間この島に留め置かれるか、元の国に強制送還される。この島の病院は、全米でも有数の規模を誇る公衆衛生病院であった。2つの島には22棟の病院が建っていた。この病院は、300人以上の医師、看護師、その他の医療スタッフを抱え、その規模から、アメリカ、ヨーロッパから医療視察団が来ることでも知られていた。