アルカトラズ島の歴史的な「ランドマーク」として、最も重要でありながら忘れられがちなのが、1969年から1971年まで最前線にあった「ネイティブ・アメリカンの占領」である。
1969年11月20日から、サンフランシスコの大学生を中心としたインディアン・オブ・オール・トライブスと呼ばれるアメリカ先住民のグループが、アメリカ先住民に関する連邦政府の政策に抗議するために島を占拠したのである。彼らの中には、インディアン局（BIA）のインディアン終結政策の一環として都市に移住してきたネイティブ・アメリカンの子供たちもいました。この政策は、ネイティブ・アメリカンをアメリカの主流社会に同化させることを目的とした一連の法律と政策で、特にインディアン居留地から都市への移住を促進するものでした。BIAの職員も多数アルカトラズに滞在しており、アマチュア写真家のドリス・パーディもその一人で、後にアルカトラズでの滞在映像を制作している。

2年近く島に滞在した占領者たちは、島の施設を改修し、インディアン教育センター、エコロジーセンター、文化センターのための新しい建造物を建てるよう要求した。アメリカンインディアンは、米国とスー族の間で結ばれたフォートララミー条約（1868年）の規定によって、この島を領有したと主張した。彼らは、この条約は、引退した、放棄された、または使用されなくなったすべての連邦土地を、取得した先住民に返還することを約束していると主張しました。そして、ヨーロッパ人が北米に来る何千年も前に先住民が発見したアルカトラズ島を、「発見権」によって主張したのである。サンフランシスコの都市部のインディアンによって始められたこの占領は、全米から他のネイティブ・アメリカンを惹きつけた。
アメリカ先住民は、アメリカ政府によって破られた多くの条約と、多くの部族から奪われた土地に対して賠償を要求した。歴史家のトロイ・R・ジョンソンは『The Occupation of Alcatraz Island』の中で、「発見の権利」について、ヨーロッパ人が北米のどの地域についても知るより少なくとも1万年前に、先住民はアルカトラズについて知っていた、と述べている。

アメリカン・インディアンによる19ヵ月と9日間の占領期間中、アルカトラズ島ではレクリエーション・ホール、沿岸警備隊の宿舎、監視員の家など、いくつかの建物が火災で被害を受けた。火災の原因については異論がある。米国政府は、占領が終わった後、他の多くの建物（主にアパート）を取り壊しました。ネイティブ・アメリカンが占拠していた時代の落書きが、現在でも島の多くの場所に残っています。
占領中、リチャード・ニクソン大統領は、連邦政府による部族の承認と米国政府との特別な関係を終わらせるために、それ以前の政権が考案したインディアン終結政策を取り消した。ニクソン大統領は、占領によってもたらされた世論と意識によって、自決政策を新たに打ち出したのである。1971年6月11日、占領は終了した。

ネイティブアメリカン占領記念日についての詳細はこちらをご覧ください。 https://www.alcatrazcruises.com/programs-and-events/annual-events/american-indian-occupation-anniversary/