L'isola di Alcatraz si trova al centro della baia di San Francisco, a est del Golden Gate, la porta naturale dell'Oceano Pacifico. Il clima è imprevedibile e può cambiare improvvisamente in base alle acque fresche e alle valli calde. Le mattine fredde e nebbiose possono lasciare il posto a pomeriggi soleggiati, che a loro volta possono tornare rapidamente alla nebbia e ai venti impetuosi del pomeriggio.
Il clima più gradevole si registra di solito nei mesi di aprile, maggio e giugno, e poi di nuovo nei mesi di settembre e ottobre. L'estate porta sull'isola il clima più fresco e la nebbia più fitta, cosa che sorprende molti visitatori esterni di San Francisco.

Le temperature sull'isola di Alcatraz raramente superano i 24°C o scendono al di sotto dei 3°C. Non nevica quasi mai sull'isola, ma gli inverni possono essere umidi e freddi. I venti pomeridiani sono frequenti in ogni stagione.

La pioggia è frequente durante l'inverno e l'inizio della primavera. Circa la metà del percorso del tour di Alcatraz si snoda lungo strade esterne non riparate dalla pioggia, quindi è bene vestirsi per affrontare il possibile tempo piovoso. (L'abbigliamento antipioggia si può acquistare all'Alcatraz Landing e nelle librerie dell'isola).

I nativi di San Francisco hanno un detto: "Vestiti sempre a strati e spera di essere piacevolmente sorpreso".