Uno dei "punti di riferimento" storici più significativi, ma spesso dimenticati, dell'isola di Alcatraz è l'occupazione dei nativi americani, che è stata in primo piano dal 1969 al 1971.
A partire dal 20 novembre 1969, un gruppo di nativi americani, noti come Indians of All Tribes e per lo più studenti universitari di San Francisco, occupò l'isola per protestare contro le politiche federali relative agli indiani d'America. Alcuni di loro erano figli di nativi americani che si erano trasferiti in città nell'ambito della politica di cessazione dell'attività indiana del Bureau of Indian Affairs (BIA), una serie di leggi e politiche volte all'assimilazione dei nativi americani nella società americana tradizionale, in particolare incoraggiando i nativi americani a trasferirsi dalle riserve indiane alle città. Anche alcuni dipendenti della BIA occuparono Alcatraz in quel periodo, tra cui Doris Purdy, una fotografa dilettante che in seguito produsse un filmato del suo soggiorno sull'isola.

Gli occupanti, che rimasero sull'isola per quasi due anni, chiesero di adattare le strutture dell'isola e di costruirne di nuove per un centro educativo indiano, un centro ecologico e un centro culturale. Gli Indiani d'America hanno rivendicato l'isola in base alle disposizioni del Trattato di Fort Laramie (1868) tra gli Stati Uniti e i Sioux. Essi sostenevano che il trattato prometteva di restituire tutte le terre federali ritirate, abbandonate o fuori uso alle popolazioni native da cui erano state acquisite. Gli indiani di tutte le tribù rivendicarono poi l'isola di Alcatraz in base al "diritto di scoperta", poiché le popolazioni indigene l'avevano scoperta migliaia di anni prima che gli europei arrivassero in Nord America. Iniziata dagli indiani urbani di San Francisco, l'occupazione attirò altri nativi americani da tutto il Paese.
I nativi americani chiedevano un risarcimento per i numerosi trattati infranti dal governo statunitense e per le terre sottratte a tante tribù. Parlando del diritto di scoperta, lo storico Troy R. Johnson afferma in The Occupation of Alcatraz Island che le popolazioni indigene conoscevano Alcatraz almeno 10.000 anni prima che gli europei conoscessero qualsiasi parte del Nord America.

Durante i diciannove mesi e nove giorni di occupazione da parte degli Indiani d'America, diversi edifici di Alcatraz furono danneggiati o distrutti da incendi, tra cui la sala ricreativa, gli alloggi della Guardia Costiera e la casa del direttore. L'origine degli incendi è controversa. Il governo degli Stati Uniti demolì una serie di altri edifici (per lo più appartamenti) dopo la fine dell'occupazione. I graffiti del periodo di occupazione dei nativi americani sono ancora oggi visibili in molti luoghi dell'isola.
Durante l'occupazione, il presidente Richard Nixon annullò la politica di cessazione dell'attività indiana, progettata dalle amministrazioni precedenti per porre fine al riconoscimento federale delle tribù e al loro rapporto speciale con il governo degli Stati Uniti. Istituì una nuova politica di autodeterminazione, in parte grazie alla pubblicità e alla consapevolezza create dall'occupazione. L'occupazione terminò l'11 giugno 1971.

Per ulteriori informazioni sull'anniversario dell'occupazione dei nativi americani, visitare il sito: https://www.alcatrazcruises.com/programs-and-events/annual-events/american-indian-occupation-anniversary/