1850 तक गोल्ड रश अपनी ऊंचाई पर था, और कैलिफ़ोर्निया को संघ में तीसवें राज्य के रूप में भर्ती कराया गया था। Alcatraz और कई अन्य खाड़ी द्वीपों को 6 नवंबर, 1850 को राष्ट्रपति के आदेश द्वारा "सार्वजनिक उद्देश्यों के लिए" आरक्षित किया गया था।
गोल्ड रश के दौरान सैन फ्रांसिस्को की ओर जाने वाले सैकड़ों जहाज, खतरनाक कैलिफोर्निया तटरेखा के साथ बर्बाद हो गए। संयुक्त राज्य अमेरिका के पश्चिमी तट पर पहला लाइटहाउस अल्काट्राज़ पर सैन फ्रांसिस्को खाड़ी में जहाजों को सुरक्षित रूप से मार्गदर्शन करने के लिए बनाया गया था। लाइटहाउस 1 जून, 1854 को सेवा में चला गया।

अमेरिकी सेना, यह महसूस करते हुए कि सैन फ्रांसिस्को बे दुश्मन के हमले के लिए कमजोर था, ने अलकाट्राज़ द्वीप पर एक किले सहित रणनीतिक बैटरी के साथ बंदरगाह के प्रवेश द्वार को मजबूत किया। यह किला दिसंबर 1859 में पूरा हुआ था। अमेरिकी गृह युद्ध (1861-1865) के दौरान, अल्काट्राज़ मिसिसिपी नदी के पश्चिम में सबसे बड़ा अमेरिकी किला बन गया।

सेना ने 1860 की शुरुआत में अल्काट्राज़ किले में सैनिक-दोषियों को भेजना शुरू कर दिया। अगले चालीस वर्षों में, द्वीप धीरे-धीरे एक किलेबंदी के रूप में अप्रचलित हो गया और जेल के रूप में अधिक महत्वपूर्ण हो गया। अमेरिकी सेना ने किले की बंदूकों को हटा दिया और 1907 में औपचारिक रूप से अल्काट्राज़ को सैन्य जेल के रूप में नामित किया।

सेना ने 1915 में द्वीप का नाम बदलकर "प्रशांत शाखा, अमेरिकी अनुशासनात्मक बैरक" के रूप में बदल दिया - सजा और पुन: प्रशिक्षण से गुजरने वाले सैनिकों के लिए एक जेल। सेना के कैदियों ने द्वीप पर अधिकांश इमारतों का निर्माण किया। यह द्वीप के लिए अंतिम सैन्य भूमिका होगी जब तक कि अंतिम सैनिक 1933 में रवाना नहीं हो गए।