האנשים הראשונים שביקרו באי Alcatraz היו עמים ילידים שהגיעו לשם לפני 10,000 עד 20,000 שנה. שתי קבוצות גדולות חיו סביב המפרץ: המיווק שחי מצפון למפרץ במחוז הנוכחי של מרין, והאולון שחיו באזורי חוף בין פוינט סור למפרץ סן פרנסיסקו.
השימוש המוקדם של Alcatraz על ידי עמים ילידים אלה קשה לשחזר כי רוב ההיסטוריה שבעל פה של השבטים אבדו. היסטוריונים מאמינים כי Alcatraz שימש כמקום קמפינג ואזור לאיסוף מזון, במיוחד ביצים של ציפורים וחיים ימיים. ייתכן שמסורת אחת הייתה שהאי שימש כמקום גלות לחברי השבט שהפרו את חוקי השבט.

כאשר החוקרים הספרדים הראשונים הגיעו בשנת 1769, יותר מ -10,000 ילידים חיו סביב מפרץ סן פרנסיסקו.