L'un des "points de repère" historiques les plus significatifs, mais souvent oublié, d'Alcatraz Island est l'occupation amérindienne, qui a été au premier plan de 1969 à 1971.
À partir du 20 novembre 1969, un groupe d'Amérindiens, connu sous le nom d'Indiens de toutes les tribus et composé principalement d'étudiants de San Francisco, a occupé l'île pour protester contre les politiques fédérales relatives aux Amérindiens. Certains d'entre eux étaient des enfants d'Amérindiens qui avaient déménagé en ville dans le cadre de la politique de résiliation des Indiens du Bureau des affaires indiennes (BIA), qui était une série de lois et de politiques visant à assimiler les Amérindiens dans la société américaine dominante, notamment en encourageant les Amérindiens à quitter les réserves indiennes pour s'installer dans les villes. Un certain nombre d'employés du BIA occupaient également Alcatraz à cette époque, dont Doris Purdy, une photographe amateur, qui a produit plus tard des images de son séjour sur l'île.

Les occupants, qui sont restés sur l'île pendant près de deux ans, ont demandé que les installations de l'île soient adaptées et que de nouvelles structures soient construites pour un centre d'éducation indienne, un centre écologique et un centre culturel. Les Amérindiens ont revendiqué l'île en vertu des dispositions du traité de Fort Laramie (1868) conclu entre les États-Unis et les Sioux. Ils affirmaient que le traité promettait de rendre toutes les terres fédérales retirées, abandonnées ou hors d'usage aux peuples autochtones auxquels elles avaient été acquises. Les Indiens de toutes les tribus ont ensuite revendiqué l'île d'Alcatraz en vertu du "droit de découverte", les peuples autochtones l'ayant découverte des milliers d'années avant l'arrivée des Européens en Amérique du Nord. Commencée par les Indiens urbains de San Francisco, l'occupation a attiré d'autres Amérindiens de tout le pays.
Les Amérindiens ont exigé des réparations pour les nombreux traités rompus par le gouvernement américain et pour les terres qui ont été prises à de nombreuses tribus. En ce qui concerne le droit de découverte, l'historien Troy R. Johnson affirme, dans The Occupation of Alcatraz Island, que les peuples indigènes connaissaient Alcatraz au moins 10 000 ans avant qu'un Européen ne connaisse une quelconque partie de l'Amérique du Nord.

Pendant les dix-neuf mois et neuf jours d'occupation par les Amérindiens, plusieurs bâtiments d'Alcatraz ont été endommagés ou détruits par le feu, notamment la salle de loisirs, les quartiers des garde-côtes et la maison du directeur. L'origine de ces incendies est contestée. Le gouvernement américain a démoli un certain nombre d'autres bâtiments (principalement des appartements) après la fin de l'occupation. Des graffitis datant de la période d'occupation amérindienne sont encore visibles aujourd'hui à de nombreux endroits de l'île.
Pendant l'occupation, le président Richard Nixon a annulé la politique de résiliation des Indiens, conçue par les administrations précédentes pour mettre fin à la reconnaissance fédérale des tribus et à leur relation spéciale avec le gouvernement américain. Il a établi une nouvelle politique d'autodétermination, en partie grâce à la publicité et à la sensibilisation créées par l'occupation. L'occupation a pris fin le 11 juin 1971.

Pour plus d'informations sur l'anniversaire de l'occupation amérindienne, visitez le site : https://www.alcatrazcruises.com/programs-and-events/annual-events/american-indian-occupation-anniversary/