L'histoire plus large de l'occupation d'Alcatraz par les Amérindiens il y a 50 ans pourrait facilement englober un plus grand pan de l'histoire américaine - depuis un traité du XIXe siècle et la vente de l'île de Manhattan en 1626 jusqu'à aujourd'hui - mais la chronologie de base commence en novembre 1969 et dure un peu plus d'un an et demi. 

Après qu'un incendie ait détruit l'American Indian Center de San Francisco en octobre 1969, un groupe de militants a commencé à parler de la possibilité de s'emparer de l'île d'Alcatraz, qui avait été déclarée terre excédentaire en 1964 après la fermeture de la prison l'année précédente. Un premier petit groupe de manifestants, dont Richard Oakes, étudiant de l'État de San Francisco, s'est rendu en bateau sur l'île le 9 novembre et y a passé la nuit avant d'être expulsé par les autorités.

Le 19 novembre 1969, 89 activistes sous le nom d'Indians of All Tribes (connu officiellement sous le nom d'Indians of All Tribes, Inc.), se sont rassemblés au No-Name Bar à Sausalito et ont été transportés au milieu de la nuit par des plaisanciers locaux sympathisants du mouvement. Invoquant un traité de 1868 autorisant les Amérindiens à s'emparer des "terres fédérales excédentaires", ainsi qu'une histoire d'occupation d'Alcatraz par certains des premiers peuples indigènes de la baie de San Francisco, les 14 manifestants qui ont réussi à débarquer lors du premier voyage ont revendiqué l'île et ont commencé à organiser l'occupation de l'ancien pénitencier fédéral. 

Un blocus de l'île par les garde-côtes a empêché la plupart des bateaux de débarquer lors du premier voyage, mais comme les bateaux ont continué à passer, la population d'Alcatraz a atteint 600 personnes en quelques mois. Des responsables de l'équipe du président Richard Nixon ont proposé de prendre d'assaut l'île avec des marshals fédéraux, mais ils n'ont pas donné suite par crainte d'une attaque très médiatisée contre un groupe comprenant des femmes et des enfants.

Selon une proclamation remise aux médias et aux représentants du gouvernement par le nouveau leader Richard Oakes, les Indiens de toutes les tribus avaient pris le contrôle de l'île, mais étaient prêts à payer "24 dollars en perles de verre et en tissu rouge" pour la propriété, soit le montant que les colons européens ont payé aux Amérindiens pour l'île de Manhattan. Le groupe prévoyait de construire un centre culturel pour les études amérindiennes, un musée, un centre spirituel et un centre écologique.

Dès le deuxième jour sur l'île, les organisateurs avaient mis en place une clinique de santé. Finalement, le personnel comprenait trois médecins bénévoles et deux infirmières, ce qui permettait de répondre aux urgences à toute heure. Le 11 décembre 1969, les Indiens de toutes les tribus ont ouvert l'école de Big Rock, accueillant 12 élèves de l'élémentaire (de la maternelle à la sixième année), mais l'effectif est passé à 22 élèves à la fin du mois. Le programme comprenait la plupart des matières habituelles - lecture, mathématiques, géographie - ainsi que l'histoire, la culture et les arts autochtones. Les élèves quittaient occasionnellement l'île pour des excursions au musée d'art d'Oakland, au planétarium Morrison et au zoo de San Francisco.

Le 22 décembre, la station de radio KPFA-FM de Berkeley a commencé à diffuser une émission quotidienne en prime-time depuis l'île, connue sous le nom de Radio Free Alcatraz, qui était également diffusée sur les stations affiliées de KPFA à New York et Los Angeles. La programmation mettait l'accent sur la culture indienne, ainsi que sur les questions politiques et sociétales sur l'île et avec les membres de la tribu partout dans le monde. Les émissions, dirigées par John Trudell, un Sioux Santee du Nebraska, ont duré jusqu'à la fin de 1970. 

Bien que le soutien du public ait été fort au départ, notamment de la part de groupes syndicaux et de célébrités telles que Jane Fonda, Marlon Brando et le groupe Creedence Clearwater Revival (qui a fait un don de 15 000 dollars pour un bateau), les réalités de la tentative de maintenir une grande communauté sur l'île avec une infrastructure vieillissante et sans eau douce sont devenues de plus en plus évidentes au début des années 1970. 

Au moment même où les dirigeants d'Indians of All Tribes adressaient une demande officielle au National Council on Indian Opportunity pour obtenir des installations, des équipements, des fournitures médicales et des moyens de transport afin de rendre l'île plus habitable, les responsables de la General Services Administration fédérale - qui supervise l'île - continuaient d'informer les Indiens de toutes les tribus et les médias que les occupants étaient considérés comme des "intrus" et que le gouvernement fédéral "n'assumait aucune responsabilité quant à votre sécurité pendant votre séjour sur cette île".

En janvier, la belle-fille de 13 ans de Richard Oakes, Yvonne, est décédée des suites d'une chute de plusieurs étages. Oakes et sa famille ont quitté l'île pour faire leur deuil, laissant à d'autres dirigeants d'Indiens de toutes les tribus le soin de prendre en charge la planification de l'île et les négociations avec le gouvernement, dont les dirigeants amérindiens ont insisté pour obtenir rien de moins que l'acte de propriété du terrain et l'argent nécessaire à la création d'une université sur place. 

Les dirigeants de l'occupation rencontrent de plus en plus de difficultés avec les visiteurs non indiens, principalement des membres de la culture de la drogue des hippies de San Francisco qui gravitent autour de la cause anti-gouvernementale et de l'hébergement gratuit. Les leaders des Indiens de toutes les tribus ont fini par interdire aux non-Indiens de passer la nuit, bien qu'à ce moment-là, la population des membres de la tribu était déjà en déclin, les étudiants retournant à l'école. En mai 1970, le gouvernement travaillait au transfert d'Alcatraz sous la juridiction du ministère de l'Intérieur dans le but de l'inclure dans le système des parcs nationaux. 

Bien que le mouvement ait perdu une partie de son élan initial au milieu des années 1970, l'attention publique qu'il avait suscitée a incité la Maison Blanche de Nixon à mettre fin, en juillet, à la politique gouvernementale de "résiliation" des avantages et des terres pour les Indiens d'Amérique. Le président a déclaré que "l'autodétermination des Indiens peut et doit être encouragée sans la menace d'une résiliation éventuelle." Lors du premier anniversaire de l'occupation, les Indiens de toutes les tribus ont tenu une conférence de presse pour dévoiler les plans de l'université Thunderbird sur l'île. 

Au cours de l'été 1970, les autorités fédérales ont coupé l'eau à Alcatraz. En réponse, les dirigeants des Indiens de toutes les tribus ont annoncé qu'ils commenceraient à proposer des visites de l'île afin de récolter des fonds pour acheter des bouteilles d'eau et d'autres fournitures. Les responsables de la General Services Administration ont rapidement annoncé que l'île était "peu sûre et dangereuse" et que tout intrus sur l'île serait poursuivi en justice.

Les incendies survenus à Alcatraz en juin 1970 avaient détruit plusieurs des principales structures et mis hors service le phare, qui était toujours utilisé pour la navigation dans la baie de San Francisco. En janvier 1971, une collision entre deux navires-citernes, qui ont déversé 800 000 gallons de pétrole brut près du Golden Gate Bridge, a été attribuée à l'absence de phare en état de marche à Alcatraz, ce qui a encore érodé le soutien du public à l'occupation.

En quelques mois, les autorités ont coupé le dernier courant électrique de l'île et, le 11 juin 1971, lorsque le personnel fédéral a pris d'assaut l'île, il ne restait plus que 15 personnes, dont cinq enfants. Si l'occupation elle-même n'a pas atteint ses objectifs initiaux, elle est largement créditée d'avoir donné naissance à des centaines d'autres manifestations d'Amérindiens et à une prise de conscience croissante des problèmes connexes aux États-Unis et ailleurs. 

En 1972, l'île d'Alcatraz a été intégrée à la Golden Gate National Recreation Area, qui fait partie du système des parcs nationaux des États-Unis.