La isla de Alcatraz se encuentra en medio de la bahía de San Francisco, justo al este del Golden Gate; la puerta natural del Océano Pacífico. El clima es imprevisible y puede cambiar repentinamente en función de las aguas frías y los valles cálidos. Las mañanas frías y con niebla pueden dar paso a tardes soleadas que, a su vez, pueden volver rápidamente a la niebla y a los vientos tempestuosos de la tarde.
El tiempo más agradable suele darse durante los meses de abril, mayo y junio, y de nuevo en septiembre y octubre. El verano trae a la isla el tiempo más fresco y la niebla más espesa, lo que sorprende a muchos visitantes de fuera de San Francisco.

Las temperaturas en la isla de Alcatraz rara vez superan los 24°C (75°F) o caen por debajo de los 3°C (38°F). Casi nunca nieva en la isla, pero los inviernos pueden ser húmedos y fríos. Los vientos de la tarde son habituales en todas las estaciones.

La lluvia es frecuente durante el invierno y el comienzo de la primavera. Aproximadamente la mitad del recorrido de Alcatraz transcurre por carreteras exteriores sin protección contra la lluvia, por lo que hay que vestirse para un posible tiempo húmedo. (La ropa de lluvia se puede comprar en Alcatraz Landing y en las librerías de la isla).

Los nativos de San Francisco tienen un dicho: "Vístete siempre en capas y espera que te sorprendas gratamente".