Uno de los "hitos" históricos más significativos, aunque a menudo olvidado, de la isla de Alcatraz es la ocupación por parte de los nativos americanos, que estuvo en primera línea entre 1969 y 1971.
A partir del 20 de noviembre de 1969, un grupo de nativos americanos, conocidos como Indians of All Tribes (indios de todas las tribus) y en su mayoría estudiantes universitarios de San Francisco, ocuparon la isla para protestar contra las políticas federales relacionadas con los indios americanos. Algunos de ellos eran hijos de nativos americanos que se habían trasladado a la ciudad en el marco de la política de terminación de los indios de la Oficina de Asuntos Indios (BIA), que consistía en una serie de leyes y políticas destinadas a la asimilación de los nativos americanos en la sociedad estadounidense mayoritaria, sobre todo alentando a los nativos americanos a alejarse de las reservas indias y trasladarse a las ciudades. Varios empleados de la BIA también ocuparon Alcatraz en esa época, entre ellos Doris Purdy, una fotógrafa aficionada, que posteriormente produjo imágenes de su estancia en la isla.

Los ocupantes, que permanecieron en la isla durante casi dos años, exigieron que se adaptaran las instalaciones de la isla y se construyeran nuevas estructuras para un centro de educación indígena, un centro ecológico y un centro cultural. Los indios americanos reclamaron la isla en virtud de las disposiciones del Tratado de Fort Laramie (1868) entre Estados Unidos y los sioux. Alegaron que el tratado prometía devolver todas las tierras federales retiradas, abandonadas o fuera de uso a los pueblos nativos a los que se las habían adquirido. Los indios de todas las tribus reclamaron entonces la isla de Alcatraz por el "derecho al descubrimiento", ya que los pueblos indígenas la descubrieron miles de años antes de que ningún europeo llegara a Norteamérica. Iniciada por los indios urbanos de San Francisco, la ocupación atrajo a otros nativos americanos de todo el país.
Los nativos americanos exigían una reparación por los numerosos tratados incumplidos por el gobierno estadounidense y por las tierras que les fueron arrebatadas a tantas tribus. Al hablar del Derecho al Descubrimiento, el historiador Troy R. Johnson afirma en The Occupation of Alcatraz Island que los pueblos indígenas conocían Alcatraz al menos 10.000 años antes de que cualquier europeo conociera cualquier parte de Norteamérica.

Durante los diecinueve meses y nueve días de ocupación por parte de los indios americanos, varios edificios de Alcatraz resultaron dañados o destruidos por el fuego, entre ellos la sala de recreo, el cuartel de los guardacostas y la casa del alcaide. El origen de los incendios es controvertido. El gobierno estadounidense demolió otros edificios (en su mayoría apartamentos) una vez finalizada la ocupación. Los grafitis del periodo de ocupación de los nativos americanos siguen siendo visibles en muchos lugares de la isla.
Durante la ocupación, el presidente Richard Nixon anuló la política de terminación de los indios, diseñada por administraciones anteriores para poner fin al reconocimiento federal de las tribus y a su relación especial con el gobierno estadounidense. Estableció una nueva política de autodeterminación, en parte debido a la publicidad y la concienciación creadas por la ocupación. La ocupación terminó el 11 de junio de 1971.

Para más información sobre el aniversario de la ocupación de los nativos americanos, visite https://www.alcatrazcruises.com/programs-and-events/annual-events/american-indian-occupation-anniversary/