La historia más amplia de la ocupación de Alcatraz por parte de los indios americanos hace 50 años podría abarcar fácilmente una parte más amplia de la historia de Estados Unidos -desde un tratado del siglo XIX y la venta de la isla de Manhattan en 1626 hasta la actualidad-, pero la línea de tiempo principal comenzó en noviembre de 1969 y duró poco más de un año y medio. 

Después de que un incendio destruyera en octubre de 1969 el American Indian Center de San Francisco, un grupo de activistas empezó a hablar de tomar la isla de Alcatraz, que había sido declarada terreno excedente en 1964 tras el cierre de la prisión el año anterior. Un primer pequeño grupo de manifestantes, entre los que se encontraba el estudiante del Estado de San Francisco Richard Oakes, llegó en barco a la isla el 9 de noviembre y pasó la noche allí antes de ser desalojado por las autoridades.

El 19 de noviembre de 1969, 89 activistas bajo el nombre de Indians of All Tribes (conocidos oficialmente como Indians of All Tribes, Inc.), se reunieron en el No-Name Bar de Sausalito y fueron trasladados en mitad de la noche por navegantes locales afines al movimiento. Citando un tratado de 1868 que permitía a los indios americanos apropiarse de "tierras federales excedentes", así como una historia de ocupación en Alcatraz por parte de algunos de los primeros pueblos indígenas de la Bahía de San Francisco, los 14 manifestantes que llegaron a tierra en el primer viaje reclamaron la isla y comenzaron a establecer la ocupación de la antigua penitenciaría federal. 

Un bloqueo de la isla por parte de los guardacostas impidió el desembarco de la mayoría de las embarcaciones en el viaje inicial, pero a medida que las embarcaciones siguieron pasando, la población de Alcatraz aumentó hasta 600 personas en pocos meses. Funcionarios del personal del presidente Richard Nixon propusieron asaltar la isla con alguaciles federales, pero se abstuvieron por temor a un asalto de alto nivel contra un grupo que incluía mujeres y niños.

Según una proclama que fue entregada a los medios de comunicación y a los funcionarios del gobierno por el líder emergente Richard Oakes, los indios de Todas las Tribus habían tomado el control de la isla, pero estaban dispuestos a pagar "24 dólares en cuentas de vidrio y tela roja" por la propiedad, la cantidad que los colonos europeos pagaron a los indios americanos por la isla de Manhattan. El grupo planeaba construir un centro cultural de estudios nativos americanos, un museo, un centro espiritual y un centro ecológico.

Al segundo día de estancia en la isla, los organizadores ya habían montado una clínica de salud. Con el tiempo, el personal incluía tres médicos voluntarios y dos enfermeras, lo que permitía responder a las emergencias a todas horas. El 11 de diciembre de 1969, los indios de todas las tribus abrieron la escuela Big Rock, admitiendo a 12 alumnos de primaria (desde el jardín de infancia hasta el sexto grado), aunque la matrícula aumentó a 22 alumnos a finales de mes. El plan de estudios incluía la mayoría de las asignaturas típicas -lectura, matemáticas, geografía-, así como historia, cultura y artes nativas. Los alumnos salían ocasionalmente de la isla en excursiones al Museo de Arte de Oakland, al Planetario Morrison y al zoológico de San Francisco.

El 22 de diciembre, la emisora de radio KPFA-FM de Berkeley comenzó a emitir un programa diario en horario de máxima audiencia desde la isla, conocido como Radio Free Alcatraz, que también se emitió en las emisoras afiliadas a la KPFA de Nueva York y Los Ángeles. La programación hacía hincapié en la cultura india, así como en los problemas políticos y sociales de la isla y de los miembros de las tribus de todo el mundo. Las emisiones, dirigidas por John Trudell, un santee sioux de Nebraska, duraron hasta finales de 1970. 

Si bien el apoyo público fue fuerte al principio, incluyendo grupos sindicales y celebridades como Jane Fonda, Marlon Brando y la banda Creedence Clearwater Revival (que donó 15.000 dólares para un barco), las realidades de tratar de mantener una gran comunidad en la isla con una infraestructura envejecida y sin agua dulce eran cada vez más evidentes a principios de 1970. 

Al mismo tiempo que los líderes de Indians of All Tribes hacían una petición formal al Consejo Nacional de Oportunidades para los Indios de instalaciones, equipos, suministros médicos y transporte para hacer la isla más habitable, los funcionarios de la Administración Federal de Servicios Generales -supervisores de la isla- seguían avisando a Indians of All Tribes y a los medios de comunicación de que los ocupantes eran considerados "intrusos" y que el gobierno federal "no asume ninguna responsabilidad por su seguridad mientras permanezcan en esta isla."

En enero, la hijastra de 13 años de Richard Oakes, Yvonne, murió al caer por varios tramos de escaleras. Oakes y su familia abandonaron la isla para guardar luto, dejando a otros líderes de Indios de Todas las Tribus para que se hicieran cargo de la planificación de la isla y de las negociaciones con el gobierno, del que los líderes indios americanos insistieron en nada menos que la escritura de la tierra y el dinero para una universidad allí. 

Los líderes de la ocupación se enfrentaron a crecientes dificultades con los visitantes no indios, en su mayoría miembros de la cultura hippie de la droga de San Francisco que gravitaban en torno a la causa antigubernamental y el alojamiento gratuito. Los líderes de Indians of All Tribes acabaron por prohibir a los no indios que pasaran la noche, aunque en ese momento la población de miembros de la tribu ya estaba disminuyendo al volver los estudiantes a la escuela. En mayo de 1970, el gobierno estaba trabajando para transferir Alcatraz para que funcionara bajo la jurisdicción del Departamento del Interior con el objetivo de incluirlo en el sistema de Parques Nacionales. 

Aunque el movimiento había perdido parte de su ímpetu inicial a mediados de 1970, la atención pública que había ganado hizo que la Casa Blanca de Nixon pusiera fin en julio a la política gubernamental de "terminación" de beneficios y tierras para los indios americanos y el presidente dijo que "la autodeterminación entre los pueblos indios puede y debe ser alentada sin la amenaza de una eventual terminación". En el primer aniversario de la ocupación, los indios de todas las tribus celebraron una conferencia de prensa para desvelar los planes de la Universidad Thunderbird en la isla. 

En el verano de 1970, los funcionarios federales cortaron el agua a Alcatraz. En respuesta, los líderes de Indians of All Tribes anunciaron que empezarían a ofrecer visitas a la isla para recaudar dinero para comprar agua embotellada y otros suministros. Los funcionarios de la Administración de Servicios Generales no tardaron en anunciar que la isla era "insegura y peligrosa" y que se perseguiría a cualquier intruso en la isla.

Un incendio en Alcatraz en junio de 1970 había destruido varias de las estructuras principales y había dejado fuera de servicio el faro, que seguía utilizándose para la navegación en la bahía de San Francisco. Una colisión en enero de 1971 entre dos buques cisterna, que vertió 800.000 galones de crudo cerca del puente Golden Gate, se achacó a la falta de un faro en funcionamiento en Alcatraz, lo que erosionó aún más el apoyo público a la ocupación.

Al cabo de unos meses, las autoridades cortaron la última energía eléctrica de la isla y, el 11 de junio de 1971, cuando el personal federal irrumpió en la isla, sólo quedaban 15 personas, cinco de ellas niños. Aunque la ocupación en sí misma no alcanzó sus objetivos originales, se le atribuye el mérito de haber generado cientos de otras protestas de los indios americanos y una creciente concienciación sobre temas relacionados en Estados Unidos y en otros lugares. 

En 1972, la isla de Alcatraz se incorporó al Área Nacional de Recreación del Golden Gate, que forma parte del sistema de Parques Nacionales de Estados Unidos.