Το νησί Αλκατράζ βρίσκεται στη μέση του κόλπου του Σαν Φρανσίσκο, ακριβώς ανατολικά της Χρυσής Πύλης, της φυσικής πύλης προς τον Ειρηνικό Ωκεανό. Το κλίμα είναι απρόβλεπτο και μπορεί να αλλάξει ξαφνικά με βάση τα δροσερά νερά και τις θερμές κοιλάδες. Τα κρύα, ομιχλώδη πρωινά μπορεί να δώσουν τη θέση τους σε ηλιόλουστα απογεύματα, τα οποία με τη σειρά τους μπορεί να επιστρέψουν γρήγορα στην ομίχλη και τους θυελλώδεις ανέμους το απόγευμα.
Ο πιο ευχάριστος καιρός επικρατεί συνήθως τον Απρίλιο, τον Μάιο και τον Ιούνιο και στη συνέχεια τον Σεπτέμβριο και τον Οκτώβριο. Το καλοκαίρι φέρνει μερικές από τις πιο δροσερές καιρικές συνθήκες και την πιο έντονη ομίχλη στο νησί, γεγονός που εκπλήσσει πολλούς επισκέπτες του Σαν Φρανσίσκο εκτός πόλης.

Οι θερμοκρασίες στο νησί Αλκατράζ σπάνια ανεβαίνουν πάνω από 24°C (75°F) ή πέφτουν κάτω από 3°C (38°F). Σχεδόν ποτέ δεν χιονίζει στο νησί, αλλά οι χειμώνες μπορεί να είναι υγροί και κρύοι. Οι απογευματινοί άνεμοι είναι συνηθισμένοι σε κάθε εποχή.

Οι βροχές εμφανίζονται συχνά κατά τη διάρκεια του χειμώνα και στις αρχές της άνοιξης. Περίπου το μισό της διαδρομής της περιήγησης στο Αλκατράζ είναι κατά μήκος εξωτερικών δρόμων χωρίς καταφύγιο από τη βροχή, γι' αυτό ντυθείτε κατάλληλα για πιθανό υγρό καιρό. (Ο εξοπλισμός βροχής διατίθεται για αγορά στο Alcatraz Landing και στα βιβλιοπωλεία του νησιού).

Οι ντόπιοι κάτοικοι του Σαν Φρανσίσκο έχουν ένα ρητό: "Να ντύνεσαι πάντα με στρώματα και να ελπίζεις ότι θα εκπλαγείς ευχάριστα".