Alcatraz Island liegt mitten in der Bucht von San Francisco, östlich der Golden Gate, dem natürlichen Tor zum Pazifischen Ozean. Das Klima ist unberechenbar und kann sich aufgrund des kühlen Wassers und der warmen Täler plötzlich ändern. Kalte, neblige Vormittage können sonnigen Nachmittagen weichen, die wiederum schnell wieder in Nebel und stürmische Winde am Nachmittag übergehen können.
Das angenehmste Wetter herrscht in der Regel in den Monaten April, Mai und Juni, und dann wieder im September und Oktober. Der Sommer bringt das kühlste Wetter und den stärksten Nebel auf die Insel, was viele auswärtige Besucher von San Francisco überrascht.

Die Temperaturen auf Alcatraz Island steigen selten über 24°C (75°F) und fallen selten unter 3°C (38°F). Es schneit fast nie auf der Insel, aber die Winter können nass und kalt sein. Nachmittagswinde sind in jeder Jahreszeit üblich.

Im Winter und zu Beginn des Frühlings regnet es häufig. Etwa die Hälfte der Strecke der Alcatraz-Tour führt über Straßen, die nicht vor Regen geschützt sind. (Regenkleidung kann bei Alcatraz Landing und in den Buchläden der Insel erworben werden).

Die Einwohner San Franciscos haben ein Sprichwort: "Kleide dich immer in mehreren Schichten und hoffe, dass du angenehm überrascht wirst."