Alcatraz Island ligger midt i San Francisco-bugten lige øst for Golden Gate, som er den naturlige port til Stillehavet. Klimaet er uforudsigeligt og kan ændre sig pludseligt på grund af køligt vand og varme dale. Kolde, tågede morgener kan give plads til solrige eftermiddage, som igen hurtigt kan skifte tilbage til tåge og blæsende vind om eftermiddagen.
Det mest behagelige vejr er normalt i april, maj og juni, og derefter igen i september og oktober. Sommeren bringer noget af det køligste vejr og den kraftigste tåge til øen, hvilket overrasker mange af de besøgende fra San Francisco, der ikke er fra byen.

Temperaturen på Alcatraz Island stiger sjældent over 24°C (75°F) og falder sjældent under 3°C (38°F). Det sner næsten aldrig på øen, men vintrene kan være våde og kolde. Eftermiddagsvind er almindelig på alle årstider.

Der falder ofte regn om vinteren og det tidlige forår. Omkring halvdelen af Alcatraz-turen går langs vejbaner udenfor, hvor der ikke er læ for regn, så klæd dig på til eventuelt vådt vejr. (Regntøj kan købes ved Alcatraz Landing og i øens boghandlere).

Indfødte San Franciscanere har et ordsprog: "Klæd dig altid i flere lag og håb på at blive positivt overrasket."