Fortets historie
Californien blev en del af USA den 2. februar 1848 i en traktat med Mexico, der afsluttede den mexicanske krig. En uge tidligere, den 24. januar, var der blevet opdaget guld i foden af Sierra Nevada-bjergene. I løbet af tre år ville San Franciscos befolkningstal eksplodere fra omkring 500 til mere end 35.000, da guldsøgere strømmede til Californien.
Hundredvis af skibe, der var på vej til San Francisco under guldfeberen, forliste langs den farlige kyst i Californien. Det første fyrtårn på USA's vestkyst blev bygget på Alcatraz for at lede skibene sikkert ind i San Francisco-bugten. Fyrtøjet blev taget i brug den 1. juni 1854.
Da den amerikanske hær indså, at San Francisco-bugten var sårbar over for fjendtlige angreb, befæstede den indsejlingen til havnen med strategiske batterier, herunder et fort på Alcatraz Island. Fortet stod færdigt i december 1859. Under den amerikanske borgerkrig (1861-1865) blev Alcatraz det største amerikanske fort vest for Mississippi-floden.
Hæren begyndte at sende soldaterfanger til Alcatraz-fortet i begyndelsen af 1860. I løbet af de næste fyrre år blev øen gradvist forældet som fæstningsværk og vigtigere som fængsel. Den amerikanske hær fjernede fortets kanoner og udpegede i 1907 formelt Alcatraz som militærfængsel.
Hæren omdøbte øen i 1915 til "Pacific Branch, U.S. Disciplinary Barracks" - et fængsel for soldater, der skulle straffes og omskoles. Hærens fanger byggede de fleste af bygningerne på øen. Dette skulle blive øens sidste militære rolle, indtil de sidste soldater forlod øen i 1933.