Den bredere historie om indianernes besættelse af Alcatraz for 50 år siden kunne nemt omfatte en større del af den amerikanske historie - så langt tilbage som en traktat fra det 19. århundrede og salget af Manhattan Island i 1626 og så langt frem til nutiden - men den centrale tidslinje startede i november 1969 og varede i lidt mere end halvandet år. 

Efter at en brand i oktober 1969 ødelagde American Indian Center i San Francisco, begyndte en gruppe aktivister at tale om at overtage øen Alcatraz, som var blevet erklæret for overskudsjord i 1964, efter at fængslet var blevet lukket året før. En første lille gruppe demonstranter, der bl.a. omfattede San Francisco State-studerende Richard Oakes, sejlede til øen den 9. november og tilbragte natten der, inden de blev fjernet af myndighederne.

Den 19. november 1969 samledes 89 aktivister under navnet Indians of All Tribes (officielt kendt som Indians of All Tribes, Inc.) på No-Name Bar i Sausalito og blev midt om natten fragtet af lokale sejlere, der sympatiserede med bevægelsen. Med henvisning til en traktat fra 1868, der tillader indianere at overtage "overskydende føderale arealer", samt en historie om besættelse af Alcatraz af nogle af San Francisco Bay-områdets tidligste oprindelige folk, gjorde de 14 demonstranter, der nåede i land på den første tur, krav på øen og begyndte at etablere besættelsen af det tidligere føderale fængsel. 

En blokade af øen fra kystvagten forhindrede de fleste af bådene i at lande på den første tur, men efterhånden som bådene fortsatte med at komme igennem, voksede befolkningen på Alcatraz til 600 mennesker i løbet af få måneder. Embedsmænd i præsident Richard Nixons stab foreslog at storme øen med føderale marshals, men afstod af frygt for et højt profileret overfald på en gruppe, der omfattede kvinder og børn.

Ifølge en proklamation, der blev overbragt til medierne og regeringsembedsmænd af den nye leder Richard Oakes, havde indianerne fra alle stammer taget kontrol over øen, men var parat til at betale "24 dollars i glasperler og rødt stof" for ejendommen, det samme beløb som de europæiske bosættere betalte indianerne for øen Manhattan. Gruppen planlagde at bygge et kulturelt center for indianske studier, et museum, et åndeligt center og et økologisk center.

På den anden dag på øen havde arrangørerne oprettet en sundhedsklinik. Til sidst bestod personalet af tre frivillige læger og to sygeplejersker, hvilket gjorde det muligt at reagere på nødsituationer på alle tidspunkter af døgnet. Den 11. december 1969 åbnede indianerne fra alle stammer Big Rock School med 12 grundskoleelever (børnehaveklasse til sjette klasse), men antallet af elever voksede til 22 i slutningen af måneden. Undervisningen omfattede de fleste af de typiske fag - læsning, matematik, geografi - samt indfødtes historie, kultur og indfødte kunstarter. Eleverne forlod lejlighedsvis øen på udflugter til Oakland Art Museum, Morrison Planetarium og San Francisco Zoo.

Den 22. december begyndte Berkeley-radiostationen KPFA-FM at sende en daglig udsendelse i bedste sendetid fra øen, kendt som Radio Free Alcatraz, som også blev sendt på KPFA's datastationer i New York og Los Angeles. Programmerne lagde vægt på indiansk kultur samt politiske og samfundsmæssige spørgsmål på øen og hos stammefolk overalt på øen. Udsendelserne, der blev ledet af John Trudell, en Santee Sioux fra Nebraska, varede indtil slutningen af 1970. 

Mens den offentlige støtte var stor i begyndelsen, herunder fagforeningsgrupper og berømtheder som Jane Fonda, Marlon Brando og bandet Creedence Clearwater Revival (som donerede 15.000 dollars til en båd), blev det i begyndelsen af 1970 mere og mere tydeligt, at det var umuligt at opretholde et stort samfund på øen med en aldrende infrastruktur og uden ferskvand. 

Samtidig med at lederne af Indians of All Tribes fremsatte en formel anmodning til National Council on Indian Opportunity om faciliteter, udstyr, medicinske forsyninger og transport for at gøre øen mere beboelig, fortsatte embedsmænd fra den føderale General Services Administration - som har tilsyn med øen - med at informere Indians of All Tribes og medierne om, at besætterne blev betragtet som "uvedkommende", og at den føderale regering "påtager sig intet ansvar for jeres sikkerhed, mens I opholder jer på øen".

I januar døde Richard Oakes' 13-årige steddatter, Yvonne, efter et fald ned ad flere trappetrin. Oakes og hans familie forlod øen for at sørge og overlod andre ledere af Indians of All Tribes til at overtage planlægningen af øen og forhandlingerne med regeringen, som indianske ledere insisterede på intet mindre end skødet til jorden og penge til et universitet på øen. 

Besættelseslederne stod over for stigende problemer med ikke-indiske besøgende, som for det meste var medlemmer af San Franciscos hippie-drugs-kultur, der var tiltrukket af anti-regeringssagen og gratis overnatning. Lederne af Indians of All Tribes forbød til sidst ikke-indianere at overnatte, selv om antallet af stammefolk på det tidspunkt allerede var på vej ned, da eleverne vendte tilbage til skolen. I maj 1970 arbejdede regeringen på at få Alcatraz overført til indenrigsministeriet med henblik på at få det indlemmet i nationalparksystemet. 

Mens bevægelsen havde mistet noget af sin oprindelige fremdrift i midten af 1970, fik den offentlige opmærksomhed, som den havde fået, Nixons Hvide Hus i juli til at afslutte regeringens politik om "opsigelse" af ydelser og jord til indianske amerikanere, og præsidenten sagde, at "selvbestemmelse blandt indianske folk kan og skal opmuntres uden trussel om eventuel opsigelse". På den første årsdag for besættelsen holdt indianerne fra alle stammer en pressekonference for at afsløre planerne for Thunderbird University på øen. 

I sommeren 1970 lukkede de føderale myndigheder for vandet til Alcatraz. Som reaktion herpå meddelte lederne af Indians of All Tribes, at de ville begynde at tilbyde rundvisninger på øen for at indsamle penge til at købe vand på flaske og andre forsyninger. Embedsmænd fra General Services Administration meddelte hurtigt, at øen er "usikker og farlig", og at enhver, der trænger ind på øen, vil blive retsforfulgt.

Brandene på Alcatraz i juni 1970 havde ødelagt flere af de store bygninger og slået fyret ud, som stadig blev brugt til navigation i San Francisco-bugten. En kollision i januar 1971 mellem to tankskibe, hvor 800.000 gallon råolie blev dumpet nær Golden Gate Bridge, fik skylden for manglen på et fungerende fyrtårn på Alcatraz, hvilket yderligere underminerede den offentlige støtte til besættelsen.

I løbet af få måneder blev den sidste strøm til øen afbrudt, og den 11. juni 1971, da føderalt personale stormede øen, var der kun 15 mennesker tilbage, hvoraf fem var børn. Selv om besættelsen i sig selv ikke nåede sine oprindelige mål, er den bredt krediteret for at have affødt hundredvis af andre indianerprotester og en voksende bevidsthed om beslægtede spørgsmål i USA og andre steder. 

I 1972 blev Alcatraz Island indlemmet i Golden Gate National Recreation Area, som er en del af det amerikanske nationalparksystem.