كان أول من زار جزيرة الكاتراز من السكان الأصليين الذين وصلوا إلى هناك بين 10000 و 20000 سنة مضت. عاشت مجموعتان كبيرتان حول الخليج: ميوك الذين عاشوا شمال الخليج في مقاطعة مارين الحالية ، وأوهلون الذين عاشوا في المناطق الساحلية بين بوينت سور وخليج سان فرانسيسكو.
من الصعب إعادة بناء الاستخدام المبكر ل Alcatraz من قبل هذه الشعوب الأصلية لأن معظم التواريخ الشفوية للقبائل قد فقدت. يعتقد المؤرخون أن الكاتراز كان يستخدم كمكان للتخييم ومنطقة لجمع الطعام ، وخاصة بيض الطيور والحياة البحرية. ربما كان أحد التقاليد هو أن الجزيرة كانت تستخدم كمكان نفي لأفراد القبيلة الذين انتهكوا القانون القبلي.

عندما وصل المستكشفون الإسبان الأوائل في عام 1769 ، كان أكثر من 10000 من السكان الأصليين يعيشون حول خليج سان فرانسيسكو.